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凸版印刷陣営（TOPPAN）と大日本印刷陣営（DNP）の電子書籍陣営の図（一部・クリックで拡大）。

hontoはDNP陣営の2Dfactoが運営。パブリは直接はDNP陣営ではありませんが、DNP陣営のMobileBook.jpが運営に協力しています。

hontoとパブリで販売されているXMDF形式の電子書籍は、かつてはReaderで読むことができたのですが、方針変更で独自の暗号化に変更され読めなくなってしまいました。
印刷屋は仲が悪い？

そんなことより、TOPPAN陣営内でBookLive（ビットウェイ）とbooklista（Readerはこっち）に分かれてるのが不便、というか理解できません。ビットウェイの方が古いので、Readerの方が邪魔者なのかもしれませんが。